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* 通讯作者：Jinbo Xu, jinboxu@moleculemind.com 参考文献 [1] Joseph L Watson, David Juergens, Nathaniel R Bennett, Brian L Trippe, Jason Yim, Helen E Eisenach, Woody Ahern, Andrew J Borst, Robert J Ragotte, Lukas F Milles, et al. De novo design of protein structure and function with rfdiffusion. Nature, 620 (7976):1089–1100, 2023. [2] Martin Pacesa, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, Joseph Schmidt, Ekaterina Pyatova, Lucas Kissling, Patrick Barendse, Jagrity Choudhury, Srajan Kapoor, Ana Alcaraz-Serna, et al. One-shot design of functional protein binders with bindcraft. Nature, 646 (8084):483–492, 2025. [3] Vinicius Zambaldi, David La, Alexander E Chu, Harshnira Patani, Amy E Danson, Tristan OC Kwan, Thomas Frerix, Rosalia G Schneider, David Saxton, Ashok Thillaisundaram, et al. De novo design of high-affinity protein binders with alphaproteo. arXiv preprint arXiv:2409.08022, 2024. [4] Chai Discovery Team, Jacques Boitreaud, Jack Dent, Danny Geisz, Matthew McPartlon, Joshua Meier, Zhuoran Qiao, Alex Rogozhnikov, Nathan Rollins, Paul Wollenhaupt, et al. Zero-shot antibody design in a 24-well plate. bioRxiv, pages 2025–07, 2025. [5] Luis S Mille-Fragoso, John N Wang, Claudia L Driscoll, Haoyu Dai, Talal Widatalla, Xiaowei Zhang, Brian L Hie, and Xiaojing J Gao. Efficient generation of epitope-targeted de novo antibodies with germinal. bioRxiv, 2025. [6] Hannes Stark, Felix Faltings, Min Gyu Choi, Yuxin Xie, Eunsu Hur, Timothy O’Donnell, Anton Bushuiev, Talip Uçar, Saro Passaro, Weian Mao, et al. Boltzgen: Toward universal binder design. bioRxiv, pages 2025–11, 2025. [7] BioGeometry Team and Jian Tang. Rapid de novo antibody design with geoflow-v3. bioRxiv, pages 2025–10, 2025. [8] Sheng Xu, Qiantai Feng, Lifeng Qiao, Hao Wu, Tao Shen, Yu Cheng, Shuangjia Zheng, and Siqi Sun. Foldbench: An all-atom benchmark for biomolecular structure prediction. bioRxiv, pages 2025–05, 2025. [9] Josh Abramson, Jonas Adler, Jack Dunger, Richard Evans, Tim Green, Alexander Pritzel, Olaf Ronneberger, Lindsay Willmore, Andrew J Ballard, Joshua Bambrick, et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with alphafold 3. Nature, 630 (8016):493–500, 2024. [10] Helen M Berman, John Westbrook, Zukang Feng, Gary Gilliland, Talapady N Bhat, Helge Weissig, Ilya N Shindyalov, and Philip E Bourne. The protein data bank. Nucleic Acids Research, 28 (1):235–242, 2000. [11] Claudio Mirabello and Björn Wallner. Dockq v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics, 40 (10):btae586, 2024. [12] Saro Passaro, Gabriele Corso, Jeremy Wohlwend, Mateo Reveiz, S. Thaler, Vignesh Ram Somnath, Noah Getz, Tally Portnoi, J. Roy, Hannes Stark, D. Kwabi-Addo, Dominique Beaini, Tommi Jaakkola, and Regina Barzilay. Boltz-2: Towards accurate and efficient binding affinity prediction. bioRxiv, pages 2025–06, 2025. [13] ByteDance Seed. Protenix-v2: Broadening the reach of structure prediction and biomolecular design. 2025. [14] ByteDance AML AI4Science Team, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Chan Lu, Wenzhi Ma, Jiaqi Guan, Chengyue Gong, et al. Protenix—advancing structure prediction through a comprehensive alphafold 3 reproduction. bioRxiv, pages 2025–01, 2025. [15] Salvatore Candido et al. Language modeling materializes a world model of protein biology, 2026. URL https://github.com/biohub/esm. Biohub preprint. [16] Ivan Anishchenko, Samuel J Pellock, Tamuka M Chidyausiku, Theresa A Ramelot, Sergey Ovchinnikov, Jingzhou Hao, Khushboo Bafna, Christoffer Norn, Alex Kang, Asim K Bera, et al. De novo protein design by deep network hallucination. Nature, 600 (7889):547–552, 2021. 附录 A 设计 VHH 序列针对已知抗体数据库的 CDR 相似性分析 为评估设计序列相对于已知抗体序列的新颖性，我们对 338 个 VHH 序列进行了 CDR 相似性分析，涵盖 11 个靶标系统，并额外检查了每个系统中亲和力最高的 VHH 候选物。

7、签了签了！29岁正式登陆NBA！防守大闸联手约基奇

相关链接：https://phys.org/news/2026-05-roadmap-safer-protein-ai.html当 AI 的浪潮席卷各行业，材料科学正迎来一场颠覆性的范式跃迁 —— 从传统「盲盒式」试错研发，升级为 AI 驱动的「按需定向设计」，从实验室里的零星突破，落地到产业端的规模化应用，AI 正全面重塑材料研发的全链条逻辑。

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8、足协杯八强出炉，泰山对阵海港面临8天3赛考验，中乙队对阵国安

当日，浙江省杭州市拱墅区婚姻登记处迎来结婚登记高峰。

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人均预期寿命突破79岁，而健康预期寿命仅68.5岁，民众有约10年时间面临慢病困扰、身体机能衰退、日常照护等问题，寿命与健康寿命之间形成明显差距。

9、伦敦全面推广AI人脸识别：两年抓获2500名嫌犯

后来，小梦指责江某某隐瞒与其他女生的关系，指责江某某哄自己帮忙刷票。

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10、河南广播电视台原党组书记、台长王仁海，被查

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1、斯泰兰蒂斯召回1.7万辆进口朱丽叶、斯坦维汽车，低压燃油泵可能无法正常工作

2025年，企业凭借持续稳定的增长态势，成功跻身游仙区重点企业名单，被列为规上工业企业重点培育对象，由区级领导定点包联帮扶，一套全流程的护航机制从企业升规筹备阶段就同步启动。

2、《天国：拯救3》没了？新商标疑似曝光新作标题

双向奔赴热情涨，志愿力量覆盖广。

3、什么？！央视知名节目主持人爆料：我是半个绍兴人！网友：我是绍兴人我都不知道....

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TVB曾在公告中明确指出，2025年实现盈利的主要原因，是2025年11月首播的剧集《新闻女王2》带来的广告和赞助收入推动。

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6、95比90逆转夺冠！广东男篮登顶全国第1：辽宁却连16强都没进？

”“我说的是网球……乒乓球一天没练。

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” 另据澎湃新闻，丘成桐期望，在未来的十年里，中国能在自己这片土地上培养出大批年轻学者，让他们走出自己的路，完成引领世界潮流的工作。

2018年4月赖小民落马后，白天辉紧接着被查，后在反腐专题片《国家监察》中出镜讲述了赖小民的违纪违法行为。

8、微信撤回消息后可删除灰色提示字？微信客服最新回应：所有版本均无法删除

用 2% BSA 封闭后，以两个浓度（5 μg/ml 和 0.5 μg/ml）测试 VHH，在 37°C 孵育 1 小时。

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通过最小整体 RMSD 识别每个设计的最近 SAbDab 邻居。

斯坦福大学数学家、美国数学会现任主席 Ravi Vakil 就专攻这个领域。